Yaiba est un jeune garçon élevé dans la jungle par son pêre où il apprend à devenir samouraï. Par un concours de circonstances, il va se retrouver au Japon en compagnie de son pére et de son tigre domestique. Yaiba va découvrir son futur adversaire, Onimaru, réputé invincible grâce à son sabre magique. Mais ce dernier devra aussi compter avec l’épée de notre héros dont la puissance est inimaginable... la fureur de la foudre et du vent !!!
Yaiba Kurogane, qui est parvenu à saisir le sabre de Raijin, a découvert par hasard une nouvelle technique, le « Senpûken » et, sûr de lui, il fait route vers le repère de son ennemi. Les uns après les autres, il vient à bout des étranges démons tueurs à la solde de son grand rival, Takeshi Onimaru. Alors qu’ils sont en route pour Tokyo, Yaiba et Sayaka, victimes d’un caprice de Musashi Miyamoto, s’éloignent de leur route. Ils se retrouvent dans les dunes de Tottori, avant d’arriver à Ganryûjima, lieu chargé de souvenirs pour le vieux samouraï.